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Codes/auxiliar_codes/Recordnodelist.c

-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <sys/stat.h>
-#include <fcntl.h>
-#include <string.h>
-#include <slurm/slurm.h>
-
-//--------------PRIVATE DECLARATIONS---------------//
-void node_dist(slurm_job_info_t job_record, int type, int total_procs, int **qty, int *used_nodes);
-
-int create_hostfile(char *jobId, char **file_name);
-int write_hostfile_node(int ptr, int qty, char *node_name);
-void fill_hostfile(slurm_job_info_t job_record, int ptr, int *qty, int used_nodes);
-
-
-int main(int argc, char *argv[]) {
-    int jobId, ptr, numP, dist;
-    char *tmp;
-    job_info_msg_t *j_info;
-    slurm_job_info_t last_record;
-
-    int used_nodes=0;
-    int *procs_array;
-    char *hostfile_name;
-
-    if(argc < 3) {
-      printf("Uso ./a.out numP physical_dist");
-      exit(-1);
-    }
-
-    numP = atoi(argv[1]);
-    dist = atoi(argv[2]);
-
-    // Get Slurm job info
-    tmp = getenv("SLURM_JOB_ID");
-    jobId = atoi(tmp);
-    slurm_load_job(&j_info, jobId, 1);
-    last_record = j_info->job_array[j_info->record_count - 1];
-
-    // GET NEW DISTRIBUTION 
-    node_dist(last_record, dist, numP, &procs_array, &used_nodes);
-
-    // CREATE/UPDATE HOSTFILE
-    ptr = create_hostfile(tmp, &hostfile_name);
-    free(hostfile_name);
-
-    // SET NEW DISTRIBUTION 
-    fill_hostfile(last_record, ptr, procs_array, used_nodes);
-    close(ptr);
-
-    // Free JOB INFO
-    slurm_free_job_info_msg(j_info); 
-
-  return 0;
-}
-
-/*
- * Obtiene la distribucion fisica del grupo de procesos a crear, devolviendo
- * cuantos nodos se van a utilizar y la cantidad de procesos que alojara cada
- * nodo.
- *
- * Se permiten dos tipos de distribuciones fisicas segun el valor de "type":
- *
- *  (1): Orientada a equilibrar el numero de procesos entre
- *                      todos los nodos disponibles.
- *  (2): Orientada a completar la capacidad de un nodo antes de
- *                      ocupar otro nodo.
- */
-void node_dist(slurm_job_info_t job_record, int type, int total_procs, int **qty, int *used_nodes) {
-  int i, asigCores;
-  int tamBl, remainder;
-  int *procs;
-
-  procs = calloc(job_record.num_nodes, sizeof(int)); // Numero de procesos por nodo
-
-  /* GET NEW DISTRIBUTION  */
-  if(type == 1) { // DIST NODES
-    *used_nodes = job_record.num_nodes;
-    tamBl = total_procs / job_record.num_nodes;
-    remainder = total_procs % job_record.num_nodes;
-    for(i=0; i<remainder; i++) {
-      procs[i] = tamBl + 1; 
-    }
-    for(i=remainder; i<job_record.num_nodes; i++) {
-      procs[i] = tamBl; 
-    }
-
-  } else if (type == 2) { // DIST CPUs
-    tamBl = job_record.num_cpus / job_record.num_nodes;
-    asigCores = 0;
-    i = 0;
-    *used_nodes = 0;
-
-    while(asigCores+tamBl <= total_procs) {
-      asigCores += tamBl;
-      procs[i] += tamBl;
-      i = (i+1) % job_record.num_nodes;
-      (*used_nodes)++;
-    }
-
-    if(asigCores < total_procs) {
-      procs[i] += total_procs - asigCores;
-      (*used_nodes)++;
-    }
-    if(*used_nodes > job_record.num_nodes) *used_nodes = job_record.num_nodes; //FIXME Si ocurre esto no es un error?
-  }
-
-  *used_nodes=job_record.num_nodes;
-  // Antes se ponia aqui todos los nodos sin cpus a 1
-  *qty = procs;
-}
-
-/*
- * Crea un fichero que se utilizara como hostfile
- * para un nuevo grupo de procesos. 
- *
- * El nombre es devuelto en el argumento "file_name",
- * que tiene que ser un puntero vacio.
- *
- * Ademas se devuelve un descriptor de fichero para 
- * modificar el fichero.
- */
-int create_hostfile(char *jobId, char **file_name) {
-  int ptr, err, len;
-
-  len = strlen(jobId) + 11;
-
-  *file_name = NULL;
-  *file_name = malloc( len * sizeof(char));
-  if(*file_name == NULL) return -1; // No ha sido posible alojar la memoria
-  err = snprintf(*file_name, len, "hostfile.o%s", jobId);
-  if(err < 0) return -2; // No ha sido posible obtener el nombre de fichero
-
-  ptr = open(*file_name, O_WRONLY | O_CREAT | O_TRUNC, 0644);
-  if(ptr < 0) return -3; // No ha sido posible crear el fichero
-
-  return ptr; // Devolver puntero a fichero
-}
-
-/*
- * Rellena un fichero hostfile indicado por ptr con los nombres
- * de los nodos a utilizar indicados por "job_record" y la cantidad 
- * de procesos que alojara cada nodo indicado por "qty".
- */
-void fill_hostfile(slurm_job_info_t job_record, int ptr, int *qty, int used_nodes) {
-  int i=0;
-  char *host;
-  hostlist_t hostlist;
-  
-  hostlist = slurm_hostlist_create(job_record.nodes);
-  while ( (host = slurm_hostlist_shift(hostlist)) && i < used_nodes) {
-    if(qty[i] != 0)
-      write_hostfile_node(ptr, qty[i], host);
-    i++;
-    free(host);
-  }
-  slurm_hostlist_destroy(hostlist);
-}
-
-/*
- * Escribe en el fichero hostfile indicado por ptr una nueva linea.
- *
- * Esta linea indica el nombre de un nodo y la cantidad de procesos a
- * alojar en ese nodo.
- */
-int write_hostfile_node(int ptr, int qty, char *node_name) {
-  int err, len_node, len_int, len;
-  char *line;
-
-  len_node = strlen(node_name);
-  len_int = snprintf(NULL, 0, "%d", qty);
-
-  len = len_node + len_int + 3;
-  line = malloc(len * sizeof(char));
-  if(line == NULL) return -1; // No ha sido posible alojar la memoria
-  err = snprintf(line, len, "%s:%d\n", node_name, qty);
-
-  if(err < 0) return -2; // No ha sido posible escribir en el fichero
-
-  write(ptr, line, len-1);
-  free(line);
-
-  return 0;
-}

Codes/recordMachinefile.sh

-#!/bin/bash
-
-dir="/home/martini/malleability_benchmark/Codes/auxiliar_codes"
-
-aux=$(grep "\[resize0\]" -n $1 | cut -d ":" -f1)
-read -r ini fin <<<$(echo $aux)
-diff=$(( fin - ini ))
-numP=$(head -$fin $1 | tail -$diff | cut -d ';' -f1 | grep Procs | cut -d '=' -f2)
-dist=$(head -$fin $1 | tail -$diff | cut -d ';' -f1 | grep Dist | cut -d '=' -f2)
-
-if [ $dist == "spread" ]; then
-    dist=1
-elif [ $dist == "compact" ]; then
-    dist=2
-fi
-
-$dir/Recordnodelist.o $numP $dist
-echo $numP

Codes/trace.sh

+#!/bin/bash
+# Configure Extrae
+export EXTRAE_CONFIG_FILE=./extrae.xml
+
+# Load the tracing library (choose C/Fortran)
+export LD_PRELOAD=${EXTRAE_HOME}/lib/libmpitrace.so
+
+# Run the program
+$*

Results/cmds.txt

+grep - */R* | grep Tex > errores.txt
+grep == */slurm* > errores2.txt
+
+Para crear comprimido:
+tar -czf Datos.tar.gz 1N-06-14/